Пипету треба редовно одржавати у складу са учесталошћу употребе, али најмање свака 3 месеца проверавајте пипету на прашину и прљавштину, посебно обратите пажњу на њен усни конус. Дуготрајно одржавање захтева чишћење унутрашњости пипете и мора да га демонтира обучено и квалификовано особље.
1. Чишћење пипете
За унутрашње чишћење потребно је прво раставити доњи део пипете. Растављене делове изрибати водом са сапуном, детерџентом или 60% изопропил алкохолом, затим испрати двоструко дестилованом водом, осушити, а затим премазати ватом по површини клипа. Нанесите танак слој силикона за подмазивање; заптивке углавном не треба чишћење.
2. Стерилизација пипета
Може се стерилисати конвенционалном стерилизацијом на високим температурама и високим притиском или стерилизацијом ултраљубичастим зрачењем.
3. Уклањање контаминирајућих нуклеинских киселина са пипете
Потопите растављене унутрашње и спољашње навлаке са доњег дела пипете у раствор за чишћење на 95 степени 30 минута, затим исперите рукаве двоструко дестилованом водом, осушите на 60 степени или потпуно осушите и на крају ставите у клип. Нанесите мазиво (силикон) на површину и саставите делове.